R语言科研绘图——柱状图前言使用R语言绘制能够发表的图片，ggplot2是一个很好的选择。并且一些基于ggplot2开发的包，能够达到这个目标。graphpadprism做出来的图深得大家喜爱，因此本系列的文章就利用R语言ggprism这个包进绘制image.png一、柱状图柱状图在绘图中经常使用到，例如PCR的数据结果，绘制过程如下二、使用工具1.所使用的包为了科研绘图的美观，所以使用了ggprism这个包的绘制，能够绘制出和graphpadprism类似的效果，便于放在论文中发表2.数据特征使用的是R自带的ToothGrowth数据，包含了三个数据len是指牙生长的长度suppfactor
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关注公众号，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你70篇原创内容-->公众号 研究肿瘤克隆进化的同学可以关注桓峰基因小店，本月15号下午3：30在线直播！！ 好多同学在处理数据的时候改不清每个软件包对输入数据的要求，有时要求是matrix，有时是list,有时是vector，有时是个object，并且一般基础绘图要求是宽数据，而ggplot2要求是长数据，所以数据转换往往是新手同学的拦路虎，那么这期咱们就灭了这只拦路虎，让自己走得更远，攀得更高！前言R中有许多用于数据框基本操作的内置
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这一节画的图是比较新的，图中我用红色箭头标出的是pathway一级注释信息(bigannotation，自己想的，非专有名词)，纵轴花花绿绿的标注是pathway的二级注释(smallannotation)。如何获取注释算一个难点，我上一讲也已经讲过：KEGG通路的从属/注释信息如何获取。整个图反映的是有多少基因落到了对应的分类里面。辩证地看，整张图都是pathway注释，没有具体的pathway名称，跟平常做的富集分析很不一样。把图里面的二级注释换成具体的pathway会更好。另外，这个图中横坐标是基因数，但我觉得在富集分析中这个数值并不重要（基因ratio比单个数值重要），我们可以换成p值
这一节画的图是比较新的，图中我用红色箭头标出的是pathway一级注释信息(bigannotation，自己想的，非专有名词)，纵轴花花绿绿的标注是pathway的二级注释(smallannotation)。如何获取注释算一个难点，我上一讲也已经讲过：KEGG通路的从属/注释信息如何获取。整个图反映的是有多少基因落到了对应的分类里面。辩证地看，整张图都是pathway注释，没有具体的pathway名称，跟平常做的富集分析很不一样。把图里面的二级注释换成具体的pathway会更好。另外，这个图中横坐标是基因数，但我觉得在富集分析中这个数值并不重要（基因ratio比单个数值重要），我们可以换成p值
“在科研绘图过程中，除了一些科研软件自带的颜色外，相信大家有时候也想自己为图片进行配色，使图片更加美观生动，让人眼前一亮，先上效果图，顺便分享一些配色方案！”“ 下面给大家安利一些配色网站！”01WebGradients网站名称：WebGradients网址：https://webgradients.com/打开网站首页，我们会直接看到很多种配色，点击其中一个会显示全屏渐变，使用方法也非常简单：直接下载Sketch/PSD或复制十六进制颜色编码即可！02colorhunter网站名称：colorhunter网址：http://www.colorhunter.com/当我们看到一张好看的
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ComplexHeatmap是一个很好用的绘制热图的R包。这篇文章主要介绍Complexheatmap::pheatmap绘图字体设置。在原函数中没有设置字体的参数。查看有关font的参数比较表如下：表头为Argumentsinpheatmap::pheatmap()和Identicalsettings/argumentsinComplexHeatmap::Heatmap()参考：https://jokergoo.github.io/2020/05/06/translate-from-pheatmap-to-complexheatmap/其实我们通过上述比较表可以看出Complexheatma
ComplexHeatmap是一个很好用的绘制热图的R包。这篇文章主要介绍Complexheatmap::pheatmap绘图字体设置。在原函数中没有设置字体的参数。查看有关font的参数比较表如下：表头为Argumentsinpheatmap::pheatmap()和Identicalsettings/argumentsinComplexHeatmap::Heatmap()参考：https://jokergoo.github.io/2020/05/06/translate-from-pheatmap-to-complexheatmap/其实我们通过上述比较表可以看出Complexheatma
